在工程竣工决算审计中，应明确以下几个方面为重点：
第一，核定施工工程量。核定施工工程量是工程竣工决算审计的关键。由于工程量的计算多且烦琐，图纸显示抽象，容易造成高估冒算，因此，一是要重点审核投资比例较大的分项工程，如混凝土结构梁、板、柱、楼板、钢结构以及高级装饰项目等。二是要重点审核容易混淆或出漏洞的项目。如：建筑工程中的内外墙体、面积应以实砌体积计算，要扣除梁、柱、门、窗体积，在实际施工计算中施工单位往往不扣或少扣梁、柱的体积。三是要防止仪表、卫生器具、管道的阀门已计入定额，施工单位又计入安装工程量。四是防止钢筋混凝土基础T型交接重复计算，以及梁、板、柱交接处受力筋重复计算等。
第二，审核材料用量及价差。材料用量审核，主要是审核土建工程三大主材及装饰工程、水、电、暖材料用量。材料量审核也是工程竣工决算审计的重要一环。由于市场材料价格不一且波动较大，因此材料价差的审核，特别是主材价差的审核更为重要。要认真审核材料的品种、规格、产地、质量是否符合设计标准和国家规范。材料价差应依照定额用量、实际消耗量和预算定额单价、实际单价分析计算，既不能遗漏，也不能重复计算。
第三，审核工程类别。对施工单位的资质和工程类别进行审核，是保证工程取费合理的前提。确定工程类别，应按国家规定的规范认真核对。
第四，审计工程定额的套用。定额套用审核要注意由于定额缺项或定额使用条件不符而发生的高估冒算、弄虚作假的问题。首先要审核决算中所列工程项目、规格、计算单位是否与所套用的定额相符，是否有错套现象。应重点审核价高、工程量较大或定额子目容易混淆的项目，保证工程造价准确。其次，在套用定额时注意相互之间的换算，如砌筑、混凝土标号的换算等，保证换算数据准确。
第五，审计主体工程以外的外网工程。在审核竣工决算时，对列入建安主体的水、电、暖与室外配套的水、电、暖外网工程，应分别审核，防止施工费用混淆、重复计算
第一，核定施工工程量。核定施工工程量是工程竣工决算审计的关键。由于工程量的计算多且烦琐，图纸显示抽象，容易造成高估冒算，因此，一是要重点审核投资比例较大的分项工程，如混凝土结构梁、板、柱、楼板、钢结构以及高级装饰项目等。二是要重点审核容易混淆或出漏洞的项目。如：建筑工程中的内外墙体、面积应以实砌体积计算，要扣除梁、柱、门、窗体积，在实际施工计算中施工单位往往不扣或少扣梁、柱的体积。三是要防止仪表、卫生器具、管道的阀门已计入定额，施工单位又计入安装工程量。四是防止钢筋混凝土基础T型交接重复计算，以及梁、板、柱交接处受力筋重复计算等。
第二，审核材料用量及价差。材料用量审核，主要是审核土建工程三大主材及装饰工程、水、电、暖材料用量。材料量审核也是工程竣工决算审计的重要一环。由于市场材料价格不一且波动较大，因此材料价差的审核，特别是主材价差的审核更为重要。要认真审核材料的品种、规格、产地、质量是否符合设计标准和国家规范。材料价差应依照定额用量、实际消耗量和预算定额单价、实际单价分析计算，既不能遗漏，也不能重复计算。
第三，审核工程类别。对施工单位的资质和工程类别进行审核，是保证工程取费合理的前提。确定工程类别，应按国家规定的规范认真核对。
第四，审计工程定额的套用。定额套用审核要注意由于定额缺项或定额使用条件不符而发生的高估冒算、弄虚作假的问题。首先要审核决算中所列工程项目、规格、计算单位是否与所套用的定额相符，是否有错套现象。应重点审核价高、工程量较大或定额子目容易混淆的项目，保证工程造价准确。其次，在套用定额时注意相互之间的换算，如砌筑、混凝土标号的换算等，保证换算数据准确。
第五，审计主体工程以外的外网工程。在审核竣工决算时，对列入建安主体的水、电、暖与室外配套的水、电、暖外网工程，应分别审核，防止施工费用混淆、重复计算
一、标底大包干方式
1、使用范围：工程施工图纸完整，预计不会有较大设计变更的工程。
2、具体方法：在工程施工招标前，委托中介机构做标底（包括总造价、分项工程造价、具体材料用量等），招标时作为标准，选择一家质优价宜的施工企业，一次性包工包料或包工部分包料发包。
3、优点：这是预防物价上涨因素，降低业主风险，控制工程成本的最佳方式，同时又节省了竣工结算的时间和精力。
1、使用范围：工程施工图纸完整，预计不会有较大设计变更的工程。
2、具体方法：在工程施工招标前，委托中介机构做标底（包括总造价、分项工程造价、具体材料用量等），招标时作为标准，选择一家质优价宜的施工企业，一次性包工包料或包工部分包料发包。
3、优点：这是预防物价上涨因素，降低业主风险，控制工程成本的最佳方式，同时又节省了竣工结算的时间和精力。
二、预算加结算方式
1、适用范围：工期紧，设计出图后没有充足时间做标底，采用总值浮动率招标的工程。
2、具体方法：根据图纸，委托中介机构做预算，依据预算按形象进度拨款，竣工后由中介机构负责审核结算。
3、优点：准确的工程预算，可控制工程拨款、甲方供材数量，有效控制超拨超供现象，结算时只需做部分变更调整，提高了工作效率。
1、适用范围：工期紧，设计出图后没有充足时间做标底，采用总值浮动率招标的工程。
2、具体方法：根据图纸，委托中介机构做预算，依据预算按形象进度拨款，竣工后由中介机构负责审核结算。
3、优点：准确的工程预算，可控制工程拨款、甲方供材数量，有效控制超拨超供现象，结算时只需做部分变更调整，提高了工作效率。
三、项目跟踪服务方式
1、适用范围：工程随机性大，须根据现场或其他因素变更较多，竣工图与施工图差距较大的情况。
2、具体方法：由中介机构委托造价人员根据项目具体情况定期到现场跟踪，做工程割算，控制拨款、供材。竣工时，根据图纸及变更资料审核竣工结算。
3、优点：由于造价人员现场跟踪，能掌握第一手变更资料，从签证开始把关，有效控制纠纷，对控制工程造价起到事半功倍的效果。
1、适用范围：工程随机性大，须根据现场或其他因素变更较多，竣工图与施工图差距较大的情况。
2、具体方法：由中介机构委托造价人员根据项目具体情况定期到现场跟踪，做工程割算，控制拨款、供材。竣工时，根据图纸及变更资料审核竣工结算。
3、优点：由于造价人员现场跟踪，能掌握第一手变更资料，从签证开始把关，有效控制纠纷，对控制工程造价起到事半功倍的效果。
四、结算复核方式
1、适用范围：业主具备较强的造价控制力量，能自行编制预算、审核签证和结算审查。
2、具体方法：工程竣工后，由业主初审工程后，再委托中介机构进行初审复核。
3、优点：双重控制，拾遗补漏，并且使工程结算更具公正性、合法性。
1、适用范围：业主具备较强的造价控制力量，能自行编制预算、审核签证和结算审查。
2、具体方法：工程竣工后，由业主初审工程后，再委托中介机构进行初审复核。
3、优点：双重控制，拾遗补漏，并且使工程结算更具公正性、合法性。